Církev se domnívala, že popravou Jana Husa potlačila jeho učení. Husovo odsouzení a poprava vyvolaly v jeho rodné zemi protesty a intenzívní odpor šlechty a lidu proti královské a církevní moci, což vedlo v letech 1419 - 1436 k husitským válkám. Místo překonání problémů udělal kostnický koncil z Jana Husa mučedníka.
Za reformace v 16. století byly v Kostnici znovu oživeny ideje Jana Husa. Tyto, stejně jako vzpomínka na něho, byly potlačeny v průběhu protireformace. Teprve osvícenství a začínající sekularizace obrátily znovu pozornost k Janu Husovi. Na památku byla umístěna na jednom domě u brány zv. Schnetztor bysta Jana Husa. V roce 1862 byl kostnickými občany slavnostně odhalen jako památník tzv. Husův kámen, který se postupně stal poutním místem. Jen o několik let později byla v upomínku Jana Husa přejmenována ulice sv. Pavla na Husovu ulici a z iniciativy českých spolků z Německa byla osazena pamětní deska na domě, kde domněle pobýval Jan Hus.
V roce 1923 se stala vlastníkem domu Společnost Husova muzea v Praze. V roce 1965 v něm byla otevřena první expozice Jana Husa a v roce 1980 Husovo muzeum. V roce 1984 podepsala města Kostnice a Tábor smlouvu o partnerství. A v roce 2007 bylo nedaleko Husova kamene slavnostně otevřeno Centrum německo-českého setkání.

