Po Husově smrti zde v letech 1416 - 1419 vzniká první husitská obec v Čechách. Měla poměrně radikální program. Z obřadních novinek lze zmínit křest nemluvňat v potoce či rybníku nebo sloužení mší ve volné přírodě. Ze zdejších kazatelů a kněží jmenujme například Petra Kániše, Jana Bydlínského, Vančeka či Petra Hromádku z Jistebnice.
Po smrti Anny z Mochova využil její nevlastní syn Oldřich z Ústí v listopadu 1419 situace, že většina kališníků odešla na zemské shromáždění do Prahy a zbylé husity z města vyhnal. Ti se však 21. února 1420 do Ústí vrací a dobývají ho zpět. Během měsíce přešlo obyvatelstvo na ostrožnu nad soutokem Lužnice a Tismenice, protože toto místo poskytovalo lepší možnost obrany před reálnou hrozbou napadení rožmberským vojskem. Samotné Ústí husité 30. března 1420 spálili, aby nemohlo rožmberským posloužit jako základna. Druhým důvodem zničení Ústí byly tehdejší chiliastické vize nového světa (očekávání návratu Ježíše Krista a nastolení jeho tisícileté říše), který byl v naivních představách oproštěn i od kontaktu s hmotnými předměty zkaženého starého světa. Svědčí o tom velké množství archeologických nálezů, včetně cenných železných předmětů, které by tehdejší lidé za jiných okolností odnesli s sebou.
Exponáty z bývalé Pamětní síně Josefa Švehly v Sezimově Ústí a nálezy z pozdějších archeologických výzkumů jsou uloženy v Husitském muzeu v Táboře.
